Bactéries, levures et champignons des fromages québécois

Projet intitulé:

À la recherche des microflores des laits et fromages d'ici

Faits saillants

• La qualité du lait a une grande influence sur la fabrication et l’affinage des fromages. Depuis peu, les techniques génomiques ont contribué à la compréhension des écosystèmes microbiens laitiers. Plusieurs espèces de bactéries et de champignons ont été identifiées dans les fromages sans que leurs rôles n’aient été décrits dans le processus d’affinage des fromages.
• Les fromages québécois rencontrent souvent les plus hauts standards et parfois, ils manquent encore de constance au niveau de la qualité. De plus, peu est encore connu sur la microflore indigène des fromages de spécialité québécois.
• Le projet avait pour but de recenser les espèces microbiennes naturelles des fromages québécois et d’identifier celles qui pourraient être en lien avec l’effet terroir et la typicité des fromages d’ici.
• Les espèces de microorganismes retrouvées en surface des fromages étaient beaucoup plus diversifées et un grand nombre provenaient du microbiote naturel (non inoculées par les fromagers).
• L’analyse du microbiote naturel des fromages et de sa stabilité dans le temps permettra d’identifier les espèces influençant la qualité des produits et ainsi que d’améliorer la constance des productions.

Objectifs

• Effectuer l’inventaire des espèces présentes dans des fromages de spécialité québécois;
• Identifier par séquençage les voies métaboliques de 20 souches de la microflore secondaire de fromages de spécialité;
• Établir la persistance des écosystèmes fromagers en fonction du temps;
• Mettre au point une méthode de détection et déterminer la prévalence de souches du microbiote naturel des fromages.

Résultats et bénéfices potentiels

Des méthodes issues de la métagénomique ont été développée et optimisées afin d’établir le profil du microbiote des fromages (en surface et dans la pâte). Ainsi, le recensement des espèces naturelles a été possible pour 49 fromages provenant de 21 fromageries québécoises. Parmi les variétés analysées, on compte des fromages à pâte ferme à croûte lavée, des fromages à pâte molle à croûte lavée, des fromages à croûte fleurie et des fromages à pâte ferme à croûte naturelle.

Les microorganismes recensés dans les pâtes des fromages s’y trouvent généralement par inoculation volontaire des fromagers (ferment lactique ou d’affinage). Au total, 21 genres bactériens ont été recensés dans les pâtes, les prédominants étant des bactéries lactiques.

Les espèces de microorganismes retrouvées en surface des fromages étaient beaucoup plus diversifées et un grand nombre provenaient du microbiote naturel (non inoculées par les fromagers). Également, la comparaison de l’écosystème de seize fromages sur deux années distinctes a permis d’évaluer les espèces persistantes et les espèces variables entre les fromages et en fonction du temps. Tel que prévu, vingt souches ont été sélectionnées et leur ADN génomique a été séquencé. Une analyse plus en profondeur a été réalisée sur quatre souches de Staphylococcus equorum, une espèce très fréquemment rencontrée dans les fromages ainsi que sur trois levures isolées de la surface des fromages.
Objectifs

Professionnels formés

3 étudiantes à la maîtrise :

• Andréanne Lamarche : Détection des microorganismes indigènes
• Annick Raymond-Fleury : Métagénomique des fromages
• Gabrielle Jacquemet : Identification des voies métaboliques et impact de différents paramètres de fabrication

Partenaires financiers

Entente de partenariat pour l’innovation en production et transformation laitières (EPI2015-2019) :

• Fonds de recherche du Québec – Nature et technologies
• Consortium de recherche et innovations en bioprocédés industriels au Québec
• Novalait